弗莱堡大学建校时尚属于奥地利，因而以其资助人- 奥地利大公阿尔布莱希特六世（Albrecht VI）命名(拉丁文为Albertina)。时为奥地利哈布斯堡王朝继维也纳大学后的第二所大学。初设四大科系：神学、法学、医学和哲学。当时的哲学即包括所谓“五艺”，为所有学生必修科目。
1620年弗莱堡大学成为天主教信仰的一个堡垒，这虽然在开始时引发了人文主义思潮的兴起，但继而便成了科学研究的障碍。18世纪大学因新兴学科的出现在宗教信仰上明确走向自由化。
随着1806年巴登州的建立，大学的存在受到了威胁，因为相对较小的巴登州已经拥有一所重要的大学-鲁普莱希特-卡尔斯-海德堡大学。然而巴登州大公路德维希仍然从1817年起向弗莱堡大学提供稳定的经费并于1820年将此以手书的形式确立下来。这位大公始终认为：两种宗教-天主教与新教应各有一所大学来代表，而海德堡大学深受新教的影响。为此，弗莱堡大学遂更名为阿尔布莱希特-路德维希-弗莱堡大学，以示谢意。
19世纪初大学建立第一个学生团体。现存最古老的学生团体是1812年由基金资助建立的Corps Rhenania Freiburg。
19世纪80年代起学生数量与院系数量均大幅增长。一战前大学有3000名学生。1898年弗莱堡大学成为德国历史上第一所接收女学生的大学。20世纪初大学必须建造大量新建筑以适应现代大学发展。于是弗莱堡老城及周边地区均成为大学建筑的所在地。例如哲学系主楼所在的建筑即是巴登州最重要的青年风格的建筑。其红色的砖墙及塔楼迄今仍是弗莱堡的标志性建筑。
1933年纳粹时期犹太籍师生遭到迫害。经过战时关闭，二战结束后大学重开。遭受战争重创的大学在艰难的条件下进行了重建。1961年大学有1万名学生，1980年达到2万。2002/2003学年已经有20，495名在册大学生。
弗莱堡大学现状良好，弗莱堡大学是德国政府资助的九所精英大学之一，拥有过海德格尔、哈耶克、马克思韦伯这样的著名学者。位于法德，瑞德边界的它，是非常国际化的大学，有相当多的国际学生，提供非常多的英文授课的课程。外国学生占总数的百分之十六左右，分别来自一百二十多个国家。大学对所有国际学生一视同仁的收取学费，没有本国与外国的区别，而是照起所在的巴登符腾堡州政府的规定。它的法学、医学、，哲学、，林学都是值得骄傲的领先学科。而经济系则诞生了著名的弗莱堡学派，对德国战后经济复苏起了指导作用。
弗莱堡大学的医学院和图书馆都是德国数一数二。不过目前大学图书馆在重建中，而临时搬迁到新址，并且24小时开放。大学同时拥有自己的教堂和博物馆、教堂曾在二战炸毁，之后重建。弗莱堡大学经济学院从2002年开始，开办IMP项目招收外国留学生，用英语授课，共设有金融学、网络经济学及政治经济学三个专业，并且已经取消德国的老学制，采用与英美体系一致的本科和硕士的划分。不过这也是弗莱堡大学相当多的院系的选择。在IMP项目中国学生的数量往往占总人数一半左右，是弗莱堡最大的中国学生团体。而经济系对学生的要求是德国企业也知道的严格，想从经济系毕业并非易事，当选雇主最满意的大学之一。而其它院系或者专业，比如生物学院，微系统，医学院，也往往是中国学生学者的选择。
弗莱堡大学的建筑，由于悠久的历史，并且也没有英国牛津历史上那样和市民的冲突，已经融入在弗莱堡城市之中。这是名副其实的大学城，而大学本身，是巴登符腾堡州南部最大的雇主，城市居民百分之十都是学生。有人说，弗莱堡是个刚刚好的城市，小到可以随处遇见熟人，却有足够的娱乐。这个城市的生活充满了大学的色彩，夜晚的酒吧到处是大学生的身影。大学有很多的学生组织，甚至有自己的电台和电视台，可以通过公共渠道收听收看。
由于位于黑森林的腹地，弗莱堡号称德国最阳光的城市。这里有迷人的景致，清新的空气，是德国第一个选举出绿党市长的比较大的城市。这也是欧洲太阳能研究机构所在地，弗莱堡大学的微系统专业在太阳能应用上也很出色。这里是绿党聚集的地方，到处是骑车的年轻人。弗莱堡的Vauban社区，将作为德国参展的一部分，以太阳能的利用参加2010年上海世博会。这些也是部分德国学生选择弗莱堡的理由，一个可以滑雪也可以避暑，却没有寒冷冬天的大学城。