别府大学设有文学部(国文学科、英文学科、史学科、艺术文化学科、文化财学科、人类关系学科)、食物营养科学部(食物营养学科、食物生物学科)、短期大学部设有地域综合科学科、保育科、初等教育科、食物营养科，大学院设有文学研究科(博士前、后期课程：历史学专攻、日本语日本文学专攻、文化财学专攻、硕士课程：临床心理学专攻、食物营养学专攻)。
建学精神：本校的建学精神是以“真理会使我们自由”为基础，将学问研究的究极目的视为对真理的探究，在以实现优秀的学问研究为目标的同时，还要培养出以学问的研究而形成的深刻教养为基础的自由人，有能力的社会人，以及优秀的研究者。