该校的第一任校长是美国人默里•巴特利特博士。经过近一个世纪的风雨历程，菲律宾大学现已是菲律宾规模最大的国立综合性大学。学校建校之始，由美术学院、医学院和农学院组成。
在建校后的10年内，该校先后建成了医学系，工程学院，教育学院，音乐学院，法学院，文学系和兽医学系7个院系，第二任校长是菲律宾人伊格纳西奥•比利亚莫尔。他重视课程设置，并主张建立一支在教学和科研领域均有竞争性的教师队伍，使学校的竞争力在未来的几十年中大大提高。
菲律宾大学总部设立在Diliman，校园占地493公顷。全校共有51个学院，其中27个可授予学士、硕士和博士学位，而Diliman拥有的可授予学位的学术机构达23个。该分校1990-1991学年的注册学生为18，010名，约占全校学生总数的53%，其中本科生13，800人，研究生3，670人，非正式生540人。 该校为菲律宾四大名校之首，国际排名96位。菲律宾大学多次接受过中国领导人的拜访，在菲律宾有着不可忽视的政治地位。中国公派留学生多在该校学习，目前在校中国学生人数为12人，多为博士和硕士研究生。